1996 के लोकसभा चुनाव में 161 सीटें जीतकर भारतीय जनता पार्टी देश की सबसे बड़ी पार्टी बनी। भाजपा ने दूसरे दलों के गठबंधन के साथ सरकार बनाने का दावा पेश किया। 16 मई 1996 को अटल बिहारी वाजपेयी ने पहली बार प्रधानमंत्री पद की शपथ ली। हालांकि वाजपेयी की सरकार बहुमत साबित करने में विफल रही। यह सरकार महज 13 दिनों में गिर गई। भारतीय इतिहास में अब तक किसी भी प्रधानमंत्री का ये सबसे छोटा कार्यकाल है।
1998 में मध्यावधि चुनाव हुए। एकबार फिर भाजपा सबसे बड़े दल और एनडीए सबसे बड़े गठबंधन के रूप में उभरा। वाजपेयी दोबारा प्रधानमंत्री बने। उन्होंने 19 मार्च 1998 को प्रधानमंत्री पद की शपथ ली। उनका यह कार्यकाल भी लंबा नहीं चला। 13 महीने बाद उन्हें पद से इस्तीफा देना पड़ा।
ऐसे में 1999 में एकबार फिर मध्यावधि चुनाव हुए। इस बार एनडीए 303 सीटें जीतकर बहुमत के साथ सत्ता में आया। 10 अक्टूबर 1999 को वाजपेयी ने तीसरी बार प्रधानमंत्री पद की शपथ ली। उनकी सरकार ने कार्यकाल पूरा होने से छह महीने पहले चुनाव का फैसला लिया। जो दांव उल्टा पड़ा गया।